1.快遞公司丟失，客戶沒收到，你這邊讓快遞公司出具一份證明，證明內容可以你寫好，拿去他們蓋章，內容要體現所丟失發票的信息，如代碼，號碼，日期，購方稅號這些。落款是他們快遞公司的名字。
2.拿快遞公司蓋章的證明去稅務局辦理發票遺失申明。如果有現成的資料，就填好拿過去辦理，如果沒有，就帶上公章去稅務局輸，填寫一式三聯發票遺失申明，稅務局會給你兩份發票扣稅證明單(注:需要在你這張發票做賬，稅款扣完以后才能去辦理。)辦理發票遺失申明需要400塊錢，可以由快遞公司賠，或者扣他們運費。或者去市一級報紙發遺失申明，費用便宜一點，把報紙帶過去，但是麻煩，建議直接叫快遞公司賠400塊錢，去稅務局辦理。
3.把記賬聯復印2份，加蓋你們單位公章，和稅務局出具的已報稅證明單，寄給客戶，客戶憑此單去他們稅務局辦理抵扣事項，發票復印件做賬。
我們公司都這樣操作的，如果不做發票遺失申明，稅務局查出來要罰款的，不能重新開具，不然你們要重復交稅。

http://www.jintingqj.cn/wuliuwenda/8627.html 增值稅專用發票在快遞公司丟掉怎么辦?